但今天在用CI时，却忘记了，搞了很久都没有出来，上了CI的中国官方网，终于在他们帮助下把问题觖决了，在这里把它贴出来，供大家分享。 
（另注：我这里是隐藏了url中的index.php文件的，与不隐藏有所不同，但最终都是采用绝对URL） 
首先，我在.htaccess文件里设置（作用是隐藏index.php），如下： 
RewriteEngine on 
RewriteCond $1 !^(index\.php|images|js|img|css|robots\.txt) #在这里写要排除的资源等 
RewriteRule ^(.*)$ index.php/$1 [L] 
我把JS,CSS,IMG等资源文件夹与SYSTEM文件夹放在同一级下，然后在JS文件夹中建立ajax.js文件，我在VIEW层中的文件为index.html。这样我要引入JS时，如下： 
<script type="text/javascript" src="url/js/ajax.js'?>"></script>：注这里url是你的网站绝对URL（绝对 URL，就是 http://domain/js/ajax.js 这样叫做绝对 URL） 
到这里就行了。当然为了可维护性，你也可以用CI自带的BASE_URL来设置，如下： 
进入 application\config\config.php文件，在config.php文件中设置base_url: 
$config['base_url'] = http://www.exiplode/com; //这里是你的网站根目录 
设置好后 再controller某处 
$this->load->helper('url')， 
然后再在VIEW层中具体页面中引入即可： 
<script type="text/javascript" src='<?=base_url().'js/Ajax.js'?>'></script>