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两者的区别在于：大红本是城市国有土地上建设的房屋、房地管理部门颁发的房屋产权证，而小红本是区县阅批发给集体土地上建设房屋的房屋所有人的产权证。
补充一点，98年以前城市国有土地上建设的房屋发的也有小红本，根据建设部1997年11月12日公告，最晚至1998年7月1日，全国各省区市必须颁发统一格式的房产证即大红本。同时开展房产证的换发工作，所以如果至今没有换发新的统一的房产证的，就可能是旧的小红本。