民用航空局成立一周后，中国共产党成功策动“两航起义”。原属国民党政府的中国航空、中央航空两家公司12架飞机从香港启德机场起飞后，悄悄改变了航向，一路向北抵达北京、天津。

“两航起义”给国民党政权带来沉重打击，同时也为新中国民航的发展提供了重要的人才和技术基础。“两航起义”参与者邓福庆说，这12架起义飞机和后来由“两航”机务人员修复的国民党遗留在大陆的十几架飞机构成了新中国民航初期的机群主体。

邓福庆：当时中国民航只有不到30架飞机。其中12架是“两航起义”从香港飞回来的，还有17架是国民党政权遗留在大陆上经过修复使用的。全国可供使用的飞机场就三十多个，全中国民航只有一个飞行大队，飞行员只有七八十个人。