发酵过程是茅台酒制作中最重要的环节之一，也是微生物最为活跃的时候。在发酵过程中，麦曲中的微生物和糖类等物质发生反应，产生了酒精和二氧化碳，同时也涌现出了大量的微生物群落。这些微生物包括了多种酵母、细菌等，其中酵母菌是茅台酒发酵的主要微生物群落之一。

茅台酒发酵过程中涉及的微生物不仅仅是麦曲中的微生物，就连酒坊的环境中也存在着大量的微生物。其中，有一些对茅台酒的发酵过程十分关键。例如，茅台镇酒坊里特有的“酒香夜泉”，就是一种含有多种微生物的自然泉水。这种泉水中的微生物可以在茅台酒的酿造过程中帮助调节酒液的酸碱度和温度等因素，保证了茅台酒的品质和口感。
在茅台酒的发酵过程中，微生物的作用不仅仅是消耗糖分、生成酒精等基本功能，更是影响了茅台酒特有的风味和口感。茅台镇独特的环境和人文历史为茅台酒的微生物群落提供了得天独厚的优势，成就了茅台酒独一无二的品质。